Markaz Al-Ma’tuq dikhususkan bagi santri putra dari jenjang MTs sampai dengan MA. Di sana para santri akan menempuh pembelajaran selama 7 tahun, yakni 3 tahun di jenjang MTs, 3 tahun di jenjang MA dan 1 tahun masa pengabdian. Setelah lulus para santri diharapkan dapat memiliki bekal keilmuan yang cukup, baik ilmu syar’i maupun ilmu sains dan teknologi.